دادگاهها
پس از پیروزی انقلاب اسلامی ۲۲ بهمن ۱۳۵۷، دادگاه های فوق العاده ای به نام دادگاه انقلاب اسلامی تشکیل شد که تا کنون به فعالیت خود ادامه داده است. صلاحیت این دادگاه ها فهرست طولانی از جرائم، از جمله همکاری یا حمایت از نظام سابق، تقویت نفوذ بیگانه در مملکت، مخالفت با انقلاب، خرید و فروش مواد مخدر، قتل و احتکار، را در بر می گیرد. در طول دهه شصت، در کنار دادگاههای انقلاب، دادگاهها ی جنائی آغاز به فعالیت کردند که مسئولیت رسیدگی به بعضی از جرائم، که در قوانین جمهوری اسلامی جزای آن اعدام است ، از قبیل دزدی و زنا را به عهده گرفتند. بنا به قانون مصوب ۱۳ تیر ۱۳۵۸، احکام دادگاه های انقلاب به استثنای حکم اعدام و ابد، قطعی است. حکم اعدام صادره به وسیله محاکم مذکور پس از تأیید شورای عالی قضایی قابل اجرا می باشد.
قضات
دادستان و قضاتی که بر کرسی قضا نشسته اند الزاماً حقوقدان نیستند. در اولین سالهای پس از انقلاب، قوه قضائیه و کانون وکلا به دستور مقامات انقلابی تصفیه گردید و به جای حقوق دانان تحصیل کرده طلاب حوزه های علمیه که الزاماً به درجه اجتهاد نرسیده بودند و تجربه قضاوت نداشتند، همراه با افرادی که به دلیل گرایشات سیاسی و نه صلاحیت حقوقی منصوب شده بودند جانشین حقوقدانان اخراجی گشتند (در سال ۱۳۶۸ تعداد این افراد در قوه قضائیه به دو هزار نفر تخمین زده می شد
).
آیین دادرسی
آئین دادرسی و رویه قضائی این دادگاه ها حد اقل معیار های قضائی تعریف شده دراسناد بین المللی حقوق بشر که لازمه یک دادرسی عادلانه است را تضمین نمی کند. روش این دادگاه ها با سنن حقوقی اسلامی شیعه اثنی عشری نیز منافات دارد. علاوه براحکام اعدامی که به دستور دادگاههای انقلاب اجرا می شود، اعدام های فرا قضائی نیز به اجرا در می آید که قربانیان آن بیشتراز مخالفین نظام جمهوری اسلامی و رهبران اپوزیسیون هستند. در بعضی موارد، چه در خارج و چه در داخل کشور، اسناد و مدارکی دال بر آمریت مقامات و شرکت ماًمورین جمهوری اسلامی در این قبیل اعدام ها به دست آمده. معهذا معلوم نیست که آیا در این موارد احکام اعدام پس از یک محاکمه غیابی مخفی صادر می شود یا نه.
منابع: قضایی جمهوری اسلامی، ۱۹۹۲؛ کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل، قطعنامه ۱۹۸۴/۵۴،لغو شکنجه، ایران،۲۸ نوامبر ۱۹۸۴؛ گزارش در مورد وضعیت حقوق بشر در جمهوری اسلامی ایران به وسیله گزارشگر ویژه کمیسیون، آقای رینالدو گالیندوپل، ۲۸ ژانویه ۱۹۸۷. عفو بین الملل، جهانی حیرت زده با ناباوری می نگرد، نقض حقوق بشر، ۱۹۹۰-۱۹۸۷. خاطرات آیت الله خلخالی، قاضی شرع و رئیس دادگاه انقلاب؛ خاطرات آیت الله منتظری، جانشین برکنار شده آیت الله خمینی. گزارش نهایی در مورد وضعیت حقوق بشر در جمهوری اسلامی ایران به وسیله گزارشگر ویژه کمیسیون، آقای رینالدو گالیندوپل، ۲ فوریه ۱۹۹۴
بازداشتها
اتهاماتی که بر اساس آن افراد مورد تعقیب قرار می گیرند اکثر اوقات کلی و مبهم است. متهمان اصولاً امکان دسترسی به وکیل مدافع ندارند و اجازه مطالعه پرونده خود برای آماده کردن دفاعیات به ایشان داده نمی شود.
دادگاهها
امکان حضور شهود و قرائت اظهارات مطلعین در دادگاه مشروط به میل قاضی است. اما شهودی که علیه متهم شهادت می دهند می توانند در جلسه دادگاه حاضر شوند و همان لحظه مدارکی علیه متهم ارائه دهند بدون اینکه که وی فرصت یا امکان بررسی مدارک جدید را داشته باشد. در اکثر موارد متهم نمی تواند برای دفاع از محکمه تقاضای احضار یا جلب شهود بنماید؛ در مواردی نیز مقامات مسئول به اشخاصی که داوطلبانه مایل به گواهی دادن به سود متهم اند، اجازه ورود به دادگاه نمی دهند. همچنین متهم الزاماً از حق پرسش و مقابله در مورد مدارکی که علیه او ارئه شده است برخوردار نمی شود و فقط می تواند شخصاً مطالبی در دفاع از خود بیان کرده و اتهامات وارده را رد کند. رأی نهایی اما تنها بستگی به صلاحدید و میل قاضی شرع دارد.
تجدید نظر
آراء قضات شرع قطعی است و محکومان حق درخواست تجدید نظر ندارند. معمولاً حکم اعدام بین چند ساعت تا چند روز پس از صدور رأی به اجرا در می آید.