دادگاهها
پس از پیروزی انقلاب اسلامی ۲۲ بهمن ۱۳۵۷، دادگاه های فوق العاده ای به نام دادگاه انقلاب اسلامی تشکیل شد که تا کنون به فعالیت خود ادامه داده است. صلاحیت این دادگاه ها فهرست طولانی از جرائم، از جمله همکاری یا حمایت از نظام سابق، تقویت نفوذ بیگانه در مملکت، مخالفت با انقلاب، خرید و فروش مواد مخدر، قتل و احتکار، را در بر می گیرد. در طول دهه شصت، در کنار دادگاههای انقلاب، دادگاهها ی جنائی آغاز به فعالیت کردند که مسئولیت رسیدگی به بعضی از جرائم، که در قوانین جمهوری اسلامی جزای آن اعدام است ، از قبیل دزدی و زنا را به عهده گرفتند. بنا به قانون مصوب ۱۳ تیر ۱۳۵۸، احکام دادگاه های انقلاب به استثنای حکم اعدام و ابد، قطعی است. حکم اعدام صادره به وسیله محاکم مذکور پس از تأیید شورای عالی قضایی قابل اجرا می باشد.
قضات
دادستان و قضاتی که بر کرسی قضا نشسته اند الزاماً حقوقدان نیستند. در اولین سالهای پس از انقلاب، قوه قضائیه و کانون وکلا به دستور مقامات انقلابی تصفیه گردید و به جای حقوق دانان تحصیل کرده طلاب حوزه های علمیه که الزاماً به درجه اجتهاد نرسیده بودند و تجربه قضاوت نداشتند، همراه با افرادی که به دلیل گرایشات سیاسی و نه صلاحیت حقوقی منصوب شده بودند جانشین حقوقدانان اخراجی گشتند (در سال ۱۳۶۸ تعداد این افراد در قوه قضائیه به دو هزار نفر تخمین زده می شد
).
آیین دادرسی
آئین دادرسی و رویه قضائی این دادگاه ها حد اقل معیار های قضائی تعریف شده دراسناد بین المللی حقوق بشر که لازمه یک دادرسی عادلانه است را تضمین نمی کند. روش این دادگاه ها با سنن حقوقی اسلامی شیعه اثنی عشری نیز منافات دارد. علاوه براحکام اعدامی که به دستور دادگاههای انقلاب اجرا می شود، اعدام های فرا قضائی نیز به اجرا در می آید که قربانیان آن بیشتراز مخالفین نظام جمهوری اسلامی و رهبران اپوزیسیون هستند. در بعضی موارد، چه در خارج و چه در داخل کشور، اسناد و مدارکی دال بر آمریت مقامات و شرکت ماًمورین جمهوری اسلامی در این قبیل اعدام ها به دست آمده. معهذا معلوم نیست که آیا در این موارد احکام اعدام پس از یک محاکمه غیابی مخفی صادر می شود یا نه.
منابع: قضایی جمهوری اسلامی، ۱۹۹۲؛ کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل، قطعنامه ۱۹۸۴/۵۴،لغو شکنجه، ایران،۲۸ نوامبر ۱۹۸۴؛ گزارش در مورد وضعیت حقوق بشر در جمهوری اسلامی ایران به وسیله گزارشگر ویژه کمیسیون، آقای رینالدو گالیندوپل، ۲۸ ژانویه ۱۹۸۷. عفو بین الملل، جهانی حیرت زده با ناباوری می نگرد، نقض حقوق بشر، ۱۹۹۰-۱۹۸۷. خاطرات آیت الله خلخالی، قاضی شرع و رئیس دادگاه انقلاب؛ خاطرات آیت الله منتظری، جانشین برکنار شده آیت الله خمینی. گزارش نهایی در مورد وضعیت حقوق بشر در جمهوری اسلامی ایران به وسیله گزارشگر ویژه کمیسیون، آقای رینالدو گالیندوپل، ۲ فوریه ۱۹۹۴
در مرداد ماه ۱۳۶۷ به دستور آیت الله روح الله خمینی چندین کمیسیون سه نفری، مرکب از یک نماینده از دادگاه انقلاب، یک نماینده از دادستانی کل انقلاب و یک نماینده از وزارت اطلاعات تشکیل و در تهران و شهرستان ها مشغول به فعالیت شدند. این کمیسیون ها به مدت شش ماه هزاران زندانی سیاسی را(وابسته به چپ انقلابی مذهبی و غیر مذهبی)، که اکثراً قبلاً دادگاهی و محکوم شده بودند، به منظور کشف عقاید دینی و سیاسی شان مورد بازجویی قرار دادند.
جلسات بازجویی گاه فقط چند دقیقه به طول می انجامید. کمیسیون ها زندانیانی را که به اندیشه و آرمانهای خود پایبند بودند و از ابراز ندامت و توبه خودداری می نمودند محکوم به اعدام کردند. این بازجویی ها، در واقع نوعی محاکمه مجدد بود که کوچکترین شباهتی به یک روند قضایی با هدف کشف مجرمیت یا برائت یک متهم در ارتباط با عملی که بنا به قانون جرم محسوب شود نداشت. کمیسیون ها واقعیت اینکه هدف از سؤالات نوعی محاکمه مجدد است و جان زندانی در گرو پاسخی است که می دهد را از زندانیان پنهان کردند. زندانیان ازحق داشتن وکیل محروم بودند و فرصت دفاع از خود نداشتند.
زندانیان از حق درخواست تجدید نظر نیز محروم بودند. مقامات قضائی جمهوری اسلامی خبر اعدامهای بیشمار سال ۱۳۶۷ را منتشر ننمودند. خانواده قربانیان چندین هفته بعد از اجرای حکم از اعدام بستگانشان مطلع شدند.